前言：穿上你的數位實驗衣

Preface: Setting Up Your Digital Lab Coat

歡迎來到生醫 AI 的新紀元

在開始進入生醫科學與 AI 協作的奇幻旅程之前，我們必須先幫你的電腦「穿上實驗衣、戴上護目鏡」。

如同你在進入真正的實驗室之前，必須先通過安全講習、知道高壓滅菌釜 (autoclave) 怎麼用、知道廢液桶分類一樣；在數位世界中，我們也需要一個強大、順手的工具來與我們的 AI 實驗夥伴進行深度協作。這個工具就是 Antigravity IDE。

什麼是 Antigravity？

Antigravity 是由 Google DeepMind 團隊所開發的「自主代理人優先 (agent-first)」AI 輔助開發與科學研究平台。它不僅僅是一個好用的文字編輯器，更是一個內建了自主 AI 代理人 (AI agents) 的數位實驗室。

最棒的是：

它不會在半夜 3 點打電話問你為什麼細胞又死光了。
它不會偷喝你冰在茶水間的星巴克。
它不會在配製試劑 (reagent) 時把 10x PBS 錯配成 1x，還順便把離心機轉到起飛。

本前言將引導你在不同的作業系統 (Windows, macOS, Ubuntu Linux) 上安裝 Antigravity，並啟用針對生醫研究所設計的強大套件：“Gemini for Science” (在系統中稱為 Science Skills 插件)。

1. 下載與安裝 Antigravity

不管你使用的是 Windows 筆電、時尚的 MacBook，還是跑著 Ubuntu Linux 的電腦或伺服器，都可以輕鬆安裝 Antigravity。

首先，請使用瀏覽器造訪 Antigravity 的官方網站：

官方下載連結：antigravity.google/download

flowchart TD
  A["瀏覽器造訪<br/>antigravity.google/download"]
  A --> B["Windows<br/>下載 .exe 檔"]
  A --> C["macOS<br/>下載 .dmg 檔"]
  A --> D["Ubuntu Linux<br/>下載 .deb / .tar.gz"]

在 Windows 上安裝

在下載頁面選擇 Windows 版本，下載 AntigravitySetup.exe 安裝檔。
雙擊執行 AntigravitySetup.exe。
按照安裝精靈的指示進行（通常是一路點擊「下一步 (Next)」即可）。
安裝完成後，勾選「啟動 Antigravity」並點擊「完成」。
首次啟動登入：程式啟動後，會彈出 Google 登入視窗，請使用您的 Google 帳戶登入以啟用 AI 核心功能。
(選用步驟)：如果您電腦中本來就有安裝 VS Code 或 Cursor，安裝精靈會詢問您是否要匯入現有的設定、主題與常用快捷鍵。

在 macOS 上安裝

在下載頁面選擇 macOS 版本，下載 Antigravity.dmg 映像檔。
雙擊打開 Antigravity.dmg。
將 Antigravity 圖示拖移 (drag) 至旁邊的 Applications (應用程式) 資料夾中。
打開「應用程式」資料夾，雙擊 Antigravity 圖示啟動。
若 macOS 顯示安全警告（詢問是否確認開啟自網路下載的應用程式），請點擊「開啟」。
啟動後，使用您的 Google 帳戶登入。

在 Ubuntu Linux 上安裝

針對 Linux 使用者（特別是生醫界最常用的 Ubuntu 發行版），Antigravity 提供了 .deb 安裝包與免安裝的 .tar.gz 壓縮包。

方法 A：使用 Debian/Ubuntu 軟體包 (.deb) 安裝（推薦）

下載 antigravity_amd64.deb。

開啟終端機 (terminal)，切換至下載目錄並執行以下指令進行安裝：

sudo dpkg -i antigravity_amd64.deb
sudo apt-get install -f  # 修復可能缺少的相依套件

安裝完成後，您可以在應用程式選單中找到 “Antigravity” 並直接點擊啟動。

方法 B：使用免安裝壓縮包 (.tar.gz)

下載 antigravity.tar.gz。
解壓縮檔案：
```
tar -xvf antigravity.tar.gz
```
進入解壓後的資料夾，直接執行啟動腳本即可：
```
./antigravity
```

2. 啟用 “Gemini for Science” (Science Skills 插件)

安裝好 Antigravity 之後，你的數位夥伴還只是一個通用的 AI 助理。要讓它變身為懂 AlphaFold 蛋白質結構預報、能自動檢索 PubMed 文獻、還懂 ClinVar 基因突變致病性的「生醫神級學長」，你需要啟用 Science Skills 插件 (Plugin)。

我們有兩種方式可以啟用它：

方法一：在首次登入時啟用（新手導覽）

當你第一次安裝並登入 Antigravity時，系統會顯示一個 “Build with Google” 的 onboarding (引導設定) 畫面。

在這個畫面中，你會看到許多推薦的領域插件。
請找到 “Science” 的核取方塊並勾選它，然後點擊下一步。系統會自動在背景下載並安裝生醫研究所需的 30 多種科學工具。

方法二：在設定介面中手動啟用（隨時可用）

如果你在首次啟動時不小心跳過了，或者之後才想啟用，請照著以下步驟操作：

點擊 Antigravity 視窗左下角的齒輪圖示（Settings，設定）。
在設定選單中，點選 Customizations (自訂項目) 區段。
找到 Build with Google Plugins 項目，並點擊下方的 Customize 按鈕。
在外掛/套件列表中尋找 “Science” 插件，並點擊 Download。
下載完成後，“Gemini for Science” 的所有核心能力便會立刻與你的 AI 代理人融合。

flowchart TD
  A["Settings<br/>(左下齒輪)"] --> B["Customizations"]
  B --> C["Build with Google Plugins"]
  C --> D["Customize"]
  D --> E["Science<br/>(Download)"]

3. 必備相依套件與 API 設定

當你啟用 Science 插件後，為了確保 AI 能夠順利幫你跑數據和呼叫科學資料庫，還有幾個小細節需要注意：

Python 與 `uv` 套件管理員的安裝

當你第一次嘗試使用需要程式碼執行的科學功能（例如：請 AI 分析一組基因表現量矩陣並畫出熱圖）時，你的 AI 代理人會在對話視窗中主動向你詢問：

「我需要安裝快速的 Python 套件管理工具 uv 來幫您處理後續的生醫分析，是否同意執行此操作？」

請毫不猶豫地同意 (Approve) 執行。AI 會自動幫你在系統中架設好環境。 安裝完成後，強烈建議您將 Antigravity 關閉並重新啟動，以確保環境變數順利生效。

填寫 API 金鑰 (API Keys)

部分科學資料庫與高級分析 API（如 AlphaGenome、OpenAlex 等）需要個人的 API 金鑰才能進行高頻率的查詢。

當你需要使用這些特定工具時，AI 代理人會跳出提示請你輸入 API 金鑰。
你也可以在專案根目錄下建立一個名為 .env 的隱藏設定檔，並在裡面手動填入，例如：
```
ALPHAGENOME_API_KEY=your_actual_api_key_here
```
AI 在呼叫相關工具時，會自動讀取此設定，完全不需要你手動複製貼上！

現在，工具已經全部準備就緒。請翻開第一章，讓我們正式向你的新實驗夥伴打聲招呼吧！

Glossary (中文和英文專有名詞對照)

中文名稱	英文名稱 / 縮寫	說明
實驗室主持人 (老闆)	Principal Investigator (PI)	領導科學研究室並負責經費與方向的教授或研究員。
試劑	Reagent	用於化學反應、生物學分析以檢測或合成物質的化學物質。
緩衝液	Buffer	能在加入少量酸或鹼時，維持溶液 pH 值相對恆定的溶液。
微量離心管	Microcentrifuge tube (Eppy tube)	生醫實驗室最常用於裝載微量液體 (2 ml 以下) 的塑膠管。
代理人優先	Agent-first	一種軟體設計哲學，指系統核心即為能自主規劃並執行任務的 AI。
外掛 / 擴充功能	Plugin / Extension	用以增加軟體主程式所沒有之特定功能的模組。
安裝檔 / 安裝程式	Installer	引導使用者將軟體複製並配置到作業系統中的程式。
終端機 / 命令列	Terminal / Command Line	透過鍵入純文字指令來與作業系統直接互動的介面。
環境變數	Environment variables	作業系統中用來儲存系統配置、路徑或密鑰的動態全域變數。
套件管理員	Package manager	自動化安裝、升級、配置和移除軟體套件的工具（如 Python 的 `uv`）。
API 金鑰	API key	用於驗證應用程式或使用者身份，以存取雲端資料庫的密碼識別碼。